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L'espece est univoltine, et vole de mi-juin à août. Elle se rencontre près des tourbières bombées et des terrains acides analogues, souvent un peu boisés, près de milieux aquatiques permanents. Elle a besoin de prairies en fleur en marge de ces milieux. Pondus isolément sur les tiges et les feuilles de la canneberge (Vaccinum oxycoccos) ou sur d'autres plantes, les oeufs éclosent après 2 à 3 semaines. La chenilles hiverne. Au nord de son aire, le développement complet peut s'étendre sur deux années, et la chenille hiverne donc deux fois.
Appartenant au cortège glaciaire comme Proclossiana eunomia, ses populations sont disséminées et les effectifs faibles à l'ouest de son aire (France). Il devient progressivement moins sporadique en allant vers le nord-est. En France, l'espece est présente dans le Morvan, le Massif Central, dans l'Est ainsi que dans les Ardennes. Extrêmement rare dans le Morvan, les stations sont connues se comptent sur les doigts d'une seule main.
Le lien papillon / plante hôte étant extrêmement étroit, la survie de Boloria aquilonaris est directement dépendante du maintien des stations à canneberge. Aussi, le drainage des tourbières, prairies marécageuses, ou la création d'étangs artificiels constituent des menaces importante pour ses populations, de même que l'enrésinement des milieux annexes. Le Nacré de la canneberge est un des lépidoptères les plus menacé en Bourgogne ; il est protégé en France depuis 1979.