La récolte et la centralisation d'une somme importante de données sur la faune dans la Bourgogne Base Fauna, en provenance d'études spécifiques mais aussi issues d'observations bénévoles, ont permis d'établir ces dernières années plusieurs Listes rouges régionales. Celles-ci ont pour objectif d'attribuer un statut de menace (risque d'extinction régional) aux espèces présentes en Bourgogne. Elles ont été élaborées selon la méthodologie UICN. Entre 2014 et 2015, la SHNA s'est chargée de la coordination de ce travail sur différents groupes (amphibiens, reptiles, chauves-souris et autres mammifères, odonates, papillons diurnes, écrevisses) et l'EPOB a coordonné la liste rouge oiseaux. En 2016, celle sur les poissons est en cours de réalisation (coordination par l'ONEMA). Le manque de connaissances sur la répartition régionale actuelle et l'évolution de certains taxons ne permet pas de mener à bien ce travail pour l'ensemble de la faune. En effet, il n'existe pas encore de Liste rouge régionale pour de nombreux groupes d'invertébrés comme les coléoptères, les orthoptères ou les araignées.